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Origine du coronavirus Sars-Cov-2

Origine du coronavirus Sars-Cov-2


Comment sait-on d'où vient un virus ?

Les virusn en mutant ou se recombinantpeuvent changer de caractéristiques et infecter d'autres espèces. C'est ce que l'on appelle unsaut zoonotique. C'est un phénomène courant et nombre de virus ont une origine animale. Le VIH par exemple est passé des grands singes à l'homme. En infectant l'homme, les virus peuvent avoir des conséquences pathologiques et créer des zoonoses, maladies provenant d'autres espèces. 

L'étude des caractéristiques génétiques des virus et de celles des hôtes, en particulier concernant le processus de fusion et de réplication, permettent donc de se faire une idée plus ou moins précise du chemin utilisé par le virus.


Le réservoir : sans doute la chauve-souris 

Il existe une très forte similiarité génétique entre le le Sars-Cov-2 et le coronavirus de la chauve-souris présent dans la famille des Rinilophidés  (Rinolphes ou Horseshoe bat), nommé RatG13. Les deux virus partagent 96% de leur génome. 


Chauve-souris Rinolphe @EcoHealth Alliance
Chauve-souris Rinolphe

 

Une espèce intermédiaire ? 

Il n'y a pas de cas documenté sur la transmission directe de virus entre la chauve-souris et l'homme. Les scientifiques se posent donc la question du passage à l'homme via une, voire deux espèces intermédiaires. Le pangolin a été particulièrement évoqué car les scientifiques ont trouvé un coronavirus très proche du Sars-Cov-2 sur des pangolins de Java faisant l'objet de contrebande et saisis par les douanes chinoises. Mais il semblerait que la similarité concerne uniquement les Spike protéines et non pas l'ensemble de génome; Cette hypothèse est donc loin d'être vérifiée. 


Pangolin de Java (Manis Javanica) @Piekfrosch
Pangolin de Java



Une  fuite d'un laboratoire  ? Peut-être !

Important :
Cette hypothèse fait l'objet de discussions et n'est absolument pas vérifiée. 

Il faut tout d'abord préciser que les sauts zoonotiques sont des évènements fréquents et naturels. Ce n'est donc pas parce qu'un virus passe d'une espèce animale à l'homme qu'il y a intervention humaine. 

Une étude américaine confirme l'origine naturelle du virus en se basant sur l'étude des caractéristiques génétiques du virus Sars-Cov-2. 

 The proximal origin of SARS-CoV-2

Cependant, certaines informations interpellent sur la possibilité d'une éventuelle fuite d'un laboratoire : le Wuhan Institute of Virology.En effet :

  • Le gouvernement chinois a imposé une censure spécifique sur les recherches sur l'origine du virus
  • Selon le Washington Post des officiels américains ont averti leur administration en 2018 par cable diplomatique de la dangerosité du laboratoire "Wuhan Institute of Virology"  en invoquant leur travaux sur les virus de la chauve-souris et la possibilité de transmission à l'homme
  • Le laboratoire en question se trouve à 10 km du marché au poisson ou est sensée avoir pris naissance l'épidémie.

 Beijing tightens grip over coronavirus research, amid US-China row on virus origin
 State Department cables warned of safety issues at Wuhan lab studying bat coronaviruses

Cet institut créé en 1956.  En 2003, les travaux pour la construction d'un laboratoire P4 de haute sécuritédémarre avec l'aide de la France. Le laboratoire opérationnel en 2015 et commence à étudier les virus de chauve-souris en particulier Sars-Cov,sous la direction de Zengli Shi, directrice du département "virus émergents". Zengli Shi a obtenu un doctorat de l'Université de Montpelier et est à l'origine de nombreux travaux sur les virus des chauves-souris, en particulier Sars-Cov et Sars-Cov-2 publiés dans des revues scientifiques internationales de renom. 

 Zengli Shi A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin
 Wuhan Institue of Virology


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