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Le dépistage et les tests COVID-19

Le dépistage et les tests COVID-19

 
La présence du virus

Le virus est très souvent présent dans le mucus nasal, la salive et les fluides de lavement broncho-alvéolaires.

Etonnamment, il peut être présent dans les selles bien après après la guérison alors que la charge virale a disparu dans les voies aériennes. Ce point est important car il permet de suspecter une contagiosité des patients par le voie fécale après leur guérison.

Il est plus rarement détectable dans l'urine.

Il est absent des fluides vaginaux. Il est assez rarement détecté dans le sang. Il est par contre présent dans le sperme. 

 SARS-CoV-2 is not detectable in the vaginal fluid of women with severe COVID-19 infection
 Clinical Characteristics and Results of Semen Tests Among Men With Coronavirus Disease 2019


Les tests RT-PCR

1. Le principe 

Le test RT-PCR (Polymerase chain reaction) vise à multiplier certaines zones acides nucléiques spécifiques du virus par le principe de "Polymérase" de manière à les rendre détectables par luminescence grâce à des réactifs .

Chaque pays a mis en place son propre protocole de test qui cible des acides nucléiques différents.

2. Prélèvement

Le prélèvement se fait par écouvillonnage (frottis) nasal et/ou oropharyngé. Il peut aussi se faire par écouvillonnage rectal. 

 

Kit de prélèvement pour test RT-PCR @U.S. Centers for Disease Control


3. Une sensibilité faible 

L'une des faiblesse du test RT-PCR consiste en sa faible sensibilité (le test génère un certain nombre de faux négatifs) estimée entre 70 et 80%. Cela veut dire que le test ne détecte pas 20 à 30% des cas avérés. Le scanner pulmonaire est bien plus performant à cet égard. C'est la raison pour laquelle les tests sont souvent réalisés deux fois pour diminuer les risques d'erreurs liés à la procédure de test. 

 Chest CT for Typical 2019-nCoV Pneumonia: Relationship to Negative RT-PCR Testing
 Diagnosis of the Coronavirus disease (COVID-19): rRT-PCR or CT?
 FALSE-NEGATIVE RESULTS OF INITIAL RT-PCR ASSAYS FOR COVID-19: A SYSTEMATIC REVIEW
 La TDM thoracique surpasse la RT-PCR pour le diagnostic du COVID-19

La faiblesse de la sensibilité du test RT-PCR s'explique par la technologie d'amplification, la variabilité de la charge virale et le type de prélèvement. 


4. Une spécificité excellente 

La spécificité du test c'est à dire sa capacité à détecter l'absence de COVID est par contre excellente. Si le test est négatif, le patient a de très fortes chances de ne pas avoir contracté la maladie. 

 

Les tests sérologiques

Ces tests détectent la présence d'anticorps produits par l'organisme pour lutter contre le virus. Ils nécessitent un échantillon de sang et ont l'avantage d'être facilement démultipliables et portables. Il sont actuellement en cours d'étude et d'évaluation. 

Ils ont l'inconvénient de rester positifs après guérison du patient.

Par ailleurs, les caractéristiques de la production d'anticorps dans le cadre d'une infection COVID-19 sont encore mal connues. Par conséquent, la fiabilité de ces tests doit encore être établie et les premiers éléments à notre disposition ne sont pas très positifs. Une étude chinoise semble indiquer que la production d'anticorps peut être très tardive, jusqu'à 4 semaines après l'infection. Par ailleurs, certains malades ont des taux d'anticorps très faibles et donc difficilement détectables. Il est donc probable que la sensibilité de ces tests (capacité à détecter les cas positifs) soit assez faible et qu'un certain nombre de patients infectés puissent être détectés comme négatifs. 

Une étude confirme ce point et indique que la sensibilité dépend du temps écoulé entre et l'arrivée des symptômes. Elle met par contre en avant la capacité du test à compléter les tests RT-PCR. 

 Immunological assays for SARS-CoV-2: an analysis of available commercial tests to measure antigen and antibodies


Le scanner thoracique 

C'est aujourd'hui la méthode la plus fiable pour diagnostiquer une maladie COVID-19, avec une sensibilité (capacité à détecter les cas positifs ) estimée à 98%. Presque tous les cas de COVID sont donc détectés. Par contre, sa spécificité est faible. Il donne un certain nombre de faux-positifscar les anomalies détectées peuvent être causées par d'autres pathologies respiratoires. 


 La TDM thoracique surpasse la RT-PCR pour le diagnostic du COVID-19
 CT provides best diagnosis for COVID-19
 Chest CT for Typical 2019-nCoV Pneumonia: Relationship to Negative RT-PCR Testing
 Diagnosis of the Coronavirus disease (COVID-19): rRT-PCR or CT?
 Sensitivity of Chest CT for COVID-19: Comparison to RT-PCR
 The indispensable role of chest CT in the detection of coronavirus disease 2019 (COVID-19)

 

Les associations de tests biologiques

Plusieurs études démontrent qu'il serait possible d'utiliser certaines variables biologiques dont le comportement est étroitement corrélé avec l'infection (nombre de globules blancs, etc.) pour réaliser un test avec une simple prise de sang. Ce type de tests particulièrement simple à mettre en oeuvre pourrait offrir des solutions alternatives de test dans un contexte de pénurie générale, ou pallier au manque de sensibilité des tests RT-PCR.

 Pre-test probability for SARS-Cov-2-related Infection Score: the PARIS score



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